El cuerpo central de la fachada principal se organiza en dos niveles y tres calles, separadas por monumentales columnas corintias sobre altas basas. En la planta baja, tres arcos albergan las puertas de entrada, flanqueadas por columnas de mármol rojizo. La puerta central, coronada con columnas salomónicas, se complementa con medallones escultóricos: los laterales representan a los patronos de Málaga, San Ciriaco y Santa Paula, mientras que el central muestra la Anunciación, obra barroca de Antonio Ramos realizada en 1743.

Las portadas renacentistas del crucero destacan por sus torreones con balcones, una de las joyas de la cantería local. Cada puerta semicircular se enmarca con arquivoltas sobre capiteles, y el conjunto de hornacinas sigue una composición palladiana: la central de medio punto y las laterales adinteladas. La elegante Portada del Sagrario combina un frontón curvo con el escudo episcopal, mientras que sus muros laterales y contrafuertes muestran la solidez y majestuosidad del edificio.

A ambos lados del templo se sitúan las portadas simétricas de la Puerta de las Cadenas (fachada norte, calle Císter) y la Puerta del Sol (fachada sur, calle Postigo de los Abades), obra de José de Bada. Ambas se componen de dos cuerpos con columnas corintias y frontones que enmarcan un programa iconográfico rico y detallado.